通勤手当を支給するにあたりその金額や課税/非課税の問題、社会保険料の問題等、考えなければならないことはいろいろあります。
また、税金や社会保険等のルールに沿った運用をする必要があります。
┃通勤手当は実費が基本
通勤手当は、諸手当の一つであるため「支給する／しない」「金額をいくらにするか」「上限を設定するか」は自由です。
一方で定のルールを守ることで時間外労働の割増賃金の計算から除外したり、非課税としたりすることができます。
┃通勤手当と割増賃金
通勤手当を実費弁償として支給することで、時間外労働等が発生した場合の割増賃金の計算単価から除外することができます。
手当の名称だけを「通勤手当」としても従業員に対して一律支給にしている等、実質的には通期手当として認められない場合には、割増賃金の計算から除外できません。
┃通勤手当と社会保険
通勤手当として支給されるものは、社会保険料・労働保険料の計算対象となります。
そのため、給与とともに支給し、給与明細や賃金台帳に計上する必要があります。
稀に経費清算扱いで通勤手当を支給し、社会保険料や労働保険料の計算に含めていないケースがありますがそれは誤りです。
┃通勤手当と税金
電車やバス等の公共交通機関を利用して通勤している場合の通勤手当は、国税庁のホームページで以下のように記載されています。
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非課税となる限度額は、通勤のための運賃・時間・距離等の事情に照らして、最も経済的かつ合理的な経路及び方法で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
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新幹線を利用した場合の運賃も非課税の対象になりますがグリーン券の料金は対象外です。
また、１箇月１５万円が非課税限度額となります。
┃定期券代の支給方法と清算
定期券代として支給する場合、６箇月の定期券代を支給するか１箇月の定期券代を支給するかが検討課題になります。
この場合、どちらの方法でも構いませんが定期券の有効期間中に退職したり、通勤区間が変わったりした際の清算の煩雑さを考えると１箇月の定期券代を支給した方が簡単です。
○６箇月の定期券代を支給
定期券代を６箇月に１回支給する方法と６分の１ずつを毎月支給する方法があります。
どちらを選択するかは事業主の自由です。
なお、６箇月に１回支給にした場合の社会保険料の計算は、６分の１を毎月の報酬に上乗せした金額で社会保険料を算定します。
○１箇月の定期券代を支給
定期券の有効期間中に退職したり、通勤区間が変わったりした際には、その月の通勤手当について過不足を清算すればよいので管理は簡単です。
テレワーク・在宅勤務が増えて従来の通勤手当の支払い方法が合わなくこともあるでしょう。
働き方が変わる時には、通勤手当と就業規則（賃金規程）の見直しを忘れないようにしましょう。